La truite et les espèces d'accompagnement, fréquentes, confirment le caractère salmonicole dominant du bassin.
Sur le Vioulou, après la vidange de la retenue de Pareloup, des espèces issues de la retenue ont été observées (gardons, brochets et perches). Ces espèces non inféodées à l'écosystème salmonicole ont rapidement disparu.
D'un point de vue qualitatif, l'état des peuplements des affluents du Viaur est satisfaisant. Il n'en va pas de même d'un point de vue quantitatif et vis à vis de la structure des populations notamment pour la truite Fario.

Ecrevisse à pattes blanches
Truite Fario
Sandres
Goujon
En effet, les niveaux d'abondance sont relativement faibles vis à vis des potentialités des milieux et ce d'autant plus que les opérations de repeuplement peuvent contribuer dans certains cas à surévaluer les populations.
Pour le Viaur, la truite Fario est bien représentée sur le cours supérieur jusqu'à Camboulas.
A l'aval de la retenue de Pont de Salars, le peuplement a été fortement modifié par la vidange de ce réservoir en 1995. La truite Fario était très faiblement représentée par rapport aux espèces indésirables sur un cours d'eau de première catégorie piscicole (perches, gardons). En 1996, le peuplement est moins perturbé : présence du vairon, régression de la perche et absence du gardon. Le caractère dominant est le vieillissement de la population de truites en liaison avec les difficultés de reproduction pour cette espèce dans un milieu où l'habitat est dégradé par le colmatage des fonds et les particules fines.
A Camboulas, les effets mécaniques de la vidange de la retenue de Pont de Salars induits par la forte augmentation des débits (entraînement vers l'aval de la population piscicole) ont été plus limités sur ce site. Les caractéristiques morphodynamiques, avec la présence de nombreux abris hydrauliques et des zones profondes ont joué un rôle important.
La diversité spécifique augmente normalement sur le cours aval en rapport avec l'évolution des potentialités du milieu. Les résultats des inventaires et des sondages montrent la régression des potentialités salmonicoles à l'aval de la confluence avec le Vioulou. La truite Fario devient une espèce marginale à partir de Pont de Grand Fuel.A l'aval de la confluence avec la Vioulou, le Viaur a eu à subir la vidange de Pareloup en 1993. Les effets de cette vidange à l'aval immédiat de la confluence, ont été atténués et se sont principalement manifestés sur les jeunes stades. La dévalaison des espèces en provenance de la retenue s'est cantonnée majoritairement sur le Vioulou. Le peuplement de truites Fario, espèces d'accompagnement et cyprins d'eaux vives, est conforme au niveau typologique théorique actuel du cours d'eau. Toutefois, les populations de truites Fario sont en deçà des potentialités naturelles du cours d'eau.
A Pont de Grand Fuel, la truite n'est plus qu'une espèce marginale. Le secteur inventorié correspond à une zone de grossissement où naturellement les salmonidés sont en concurrence avec les cyprins d'eaux vives. Ces zones sont généralement plutôt colonisées par des sujets adultes pour la truite Fario. Elles sont tributaires de la qualité du milieu du bassin amont pour la production de juvéniles. Les impacts directs et indirects liés à l'exploitation hydroélectrique de la ressource favorisent une cyprinisation du cours d'eau.

Présence de nombreux obstacles à la migration ; sur la rivière Viaur la franchissabilité des seuils et des ouvrages a été étudiée et des travaux on été réalisés :
| Année de travaux | Cours d’eau | Noms | Communes Concernées | Equipement réalisé |
| Antérieur à 1999 | Viaur | Minicentrale de Tanus | Tanus | |
| Viaur | La Vicasse | Bor et Bar | ||
| Viaur | Chaussée de Saint Martin Laguépie | S Martin Laguépie / Laguépie | ||
| Tranche 1 Travaux 1999 | VIAUR | - Moulin du Port de la Besse | Mirandol / La Salvetat Peyrales | passe à bassins à échancrures alternées en rive droite |
| Chaussée de la Souleyrie | Jouqueviel / Bor et Bar | pré-barrages en rive gauche | ||
| Tranche 2 Travaux 2000 | LIEUX | La Barvielle (Télières) | Cabanès / Tayrac | passe à bassins en rive gauche |
| LEZERT | Aval confluence du ru de Rieusales | Cabanès | passe à bassins en rive droite | |
| Lavernhe | Cabanès | passe à bassins en rive gauche | ||
| La Valette | Cabanès / Castelmary | passe à bassins en rive gauche (consolidation de l’ouvrage rive gauche) | ||
| Tranche 2 Travaux 2001 | LEZERT | Moulin de la Galie | Cabanès / Tayrac | passe à bassins en rive gauche |
| LIEUX | Passage à gué de Villelongue | Cabanès / Tayrac | suppression d’une partie du passage busé construction d’un ponceau | |
| VIAUR | Moulin de la Granilié | Saint Christophe / Saint André de Najac | passe à bassins en rive droite | |
| Moulin de la Garde Viaur | Montirat / Saint André de Najac | passe à bassins en rive droite | ||
| Moulin de la Calquière | Mirandol / Mirandol | passe à bassins en rive droite | ||
| Destruction 2002 | Viaur | Ancienne Chaussée | Remplacement du seuil infranchissable par 3 micro seuils (travaux réalisés en régie) | |
D'autre part, sur le Giffou et le Cône, un travail similaire a été réalisé. Ce travail a permit pour chaque chaussée d'évaluer non seulement la franchissabilité mais aussi les enjeux liés à chacune d'entre elles : enjeux piscicole, hydraulique, paysager, liés aux usages et géomorphologique.
Ce diagnostic n'a, à ce jour, pas débouché sur la réalisation de travaux.
Les aménagements hydroélectriques : la réduction des vitesses de
courant pour les cours d'eau régulés artificiellement où les débits
sont en permanence faibles modifie le faciès du cours d'eau. En effet,
les débits réservés ainsi que les trois vidanges successives des
ouvrages ont provoqué:
- Une variation de la disponibilité globale en habitat (zone d'assèchement temporaire, diminution et augmentation rapide des vitesses d'écoulement... )
- Un bouleversement du lit et un décapage des fonds. La forme du lit et la nature des substrats sont déterminantes dans le degré des impacts.
- Les faibles débits liés aux étiages sévères et aux prélèvements effectués sur le haut du bassin versant.
- Les usages récréatifs du milieu.
- La qualité des eaux et des milieux.
