En 1999 le bassin versant du Viaur n'était suivi qu'au niveau d'une seule station RNB située à la confluence Viaur / Aveyron.
Dans le cadre du premier Contrat, en 2000, deux points de suivi physico chimique ont été mis en place conformément au programme prévisionnel :
- Viaur à La Valette (RCD 125 800 fréq 10) (n°125 800)
- Viaur à Saint Just sur Viaur (RCD 125 400 freq 10) (n°125 400)
Puis un programme plus complet a été mis en place à partir de 2003 :
- Réalisation d'un état zéro de la qualité des eaux (données 1993 - 2000)
- 16 points de suivi physicochimiques :
- le Réseau Complémentaire Départemental prend en charge 5 points à freq 10
- le Contrat de Rivière du Viaur prend en charge 10 points à freq 6
- Un point RNB à Laguépie
- 8 points de suivi des macro invertébrés pris en charge par le CRV
Dans le cadre du second programme d'actions, afin de suivre l'évolution de la qualité écologique et chimique de nos masses d'eau, les réseaux de suivi se sont étoffé.

Le tabeau ci-dessous présente les analyses qui seront ménées sur le bassin :
| Libellé | Rivière |
PC (RCS) |
PC (RCA) |
M I N E |
P i g m |
SP-e /SNP-e / PEST-e | SP-s / SNP-s/ PEST-s |
M E T O -s |
B r y o |
Plan |
I B G N |
Traits Bio |
Indice Poisson |
I B D |
I B M R |
T e m p . |
| Gleysenove | Viaur | 10 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||
| Ségur | Viaur | 6 | 2 | 6 | 12 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||
| Recoules | Viaur | 10 | ||||||||||||||
| Barrage Pont de Salars | Viaur | |||||||||||||||
| Pont de Salars | Viaur | |||||||||||||||
| La Valette | Viaur | 6 | ||||||||||||||
| Trébons Bas | Vioulou | 6 | 2 | 6 | 12 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||
| Deux Aygues | Vioulou | 6 | ||||||||||||||
| Roucouze | Viaur | 10 | ||||||||||||||
| Cassagnes | Céor | 10 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||
| Castelpers | Céor | 10 | 1 | |||||||||||||
| Moulin de Marc | Giffou | 10 | 1 | |||||||||||||
| Lissart | Giffou | 10 | ||||||||||||||
| La Borie | Cône | 10 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||
| Saint Cirq | Cône | 10 | 1 | |||||||||||||
| Saint Just | Viaur | 10 | ||||||||||||||
| Naucelle Aval | Lieux de Naucelle | X | ||||||||||||||
| Bonnefon | Lieux de Naucelle | 10 | 1 | |||||||||||||
| Moulin de Roumégous | Lézert | 10 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||
| Sauveterre aval | Lézert | X | ||||||||||||||
| Moulin de la Barrière | Liort | 10 | 1 | |||||||||||||
| Port de la Besse | Lézert | 6 | 6 | 2 | 6 | 12 | 1 | 1 | 1 | 0,5 | 1 | 1 | ||||
| La Garde | Viaur | 6 | 6 | 2 | 6 | 7 / 4 / 5 | 1 / 1 / 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||
| Mirandol | Candour | X | ||||||||||||||
| Néguebiau | 10 | 1 | ||||||||||||||
| Brésil | Candour | X |
Légende :

Epuration de l'eau
- Le paramètre déclassant la qualité de nos cours d'eau est surtout le paramètre Nitrate. Il témoigne d'une pollution essentiellement diffuse d'origine agricole. Les efforts engagés par la profession, l'opération Agri Viaur menée sur l'ensemble du bassin versant sont donc tout à fait appropriés aux problématiques du territoire et doivent bien évidemment être poursuivis voire renforcés dans l'objectif de réduire le taux des nitrates présents dans les eaux.
- Le bassin versant du Giffou et du Cône : des dégradations significatives sont notées : qualité passable en 2006 (paramètre déclassant : Nitrates). Sur ce secteur, le taux de nitrates relevé est élevé (après des épisodes pluvieux on mesure jusqu'à 31 mg/l de NO3). Les matières azotées (formes instables d'azote) présentent aussi un fort taux. D'autre part, suite à un épisode pluvieux de fort taux de matières en suspension ont été relevés en 2006 (Cône : 460 mg/l et Céor 940 mg/l). Ce sous bassin est soumis à des pressions agricoles fortes; les sources de pollutions sont nombreuses et éparses : Il semble nécessaire de travailler de façon préférentielle sur ce bassin dans le cadre d'une opération agricole. On note aussi sur ce bassin, les efforts faits en matière d'assainissement domestique : station de Cassagnes Begonhes, de Réquista efforts devant être poursuivis sur d'autres bourgs.
- Sur le Viaur, une amélioration très importante au niveau de Gleysenove : entre 2003 et 2004 amélioration de 3 classes sur les matières organiques, azotées et le phosphore. Ceci s'explique en partie par la mise aux normes des bâtiments d'élevage réalisée sur ce secteur. Cependant, le bruit de fond en nitrates, bien que modéré, reste présent et déclasse le cours d'eau en niveau passable.
En conclusion, la principale caractéristique du bassin versant est le déclassement de la quasi totalité de ses cours d'eau par le paramètre nitrate.
Sur le cours du Viaur, concernant le paramètre nitrates, les tendances évolutives des 4 dernières années se superposent assez fidèlement d'une année sur l'autre. Nous retrouvons systématiquement une augmentation du taux de nitrates en aval du barrage de Pont de Salars et à Saint Just sur Viaur.
D'autre part, après de forts épisodes pluvieux on note en 2006 une forte augmentation (jusqu'à 940 mg / l ) du taux de matières en suspension en certains points.
On se trouve donc bien face à un problème d'ordre général et diffus sur l'ensemble du territoire.
